上海市人民政府合作交流辦公室與復旦大學于 2016 年聯合成立，旨在整合復旦大學多學科優勢， 以“政產學研用”一體化的協同創新模式，為各級政府提供整體規劃和發展戰略的決策咨詢，為市場和企業提供協同創新發展的建議，并通過長江經濟帶智庫聯盟等合作方式推動長江經濟帶建設等國家重大發展戰略目標的實現。 

在長江經濟帶和長三角一體化發展的研究領域中，研究院已形成一批有分量的決策咨詢報告，承擔了諸多國家、省部級和地方合作課題。并已發布“長江經濟帶復旦銀聯城市消費活力指數”、“長江經濟帶空港指數”、“復旦 - 啟信寶長三角城市企業發展指數”等。已建成長江經濟帶與長三角城市群社會經濟等綜合數據庫。

長三角一體化發展研究院于 2019 年 12 月被列為“上海高校智庫”。